Naast monitoring van de werking van antipsychotica is bewaking van de nadelige effecten (de bijwerkingen) van belang. Het is bekend dat antipsychotica tal van bijwerkingen kunnen geven zoals bewegingsstoornissen en anticholinerge bijwerkingen, seksuele bijwerkingen, gewichtstoename en cardiovasculair risico. Bij clozapinegebruik kunnen leukopenie, neutropenie en agranulocytose voorkomen, maar ook door andere antipsychotica kan de kans op leukopenie, neutropenie en agranulocytose zijn toegenomen. Leukopenie, neutropenie en agranulocytose kunnen echter ook een somatische oorzaak hebben.